İyon kromatografisi (IC), sabit faz etkileşiminin iyon değişimine dayandığı bir HPLC varyantıdır. Bu nedenle, ayrı iyonlara veya yüklü türlere uygulanır. Anyonlar ve katyonlar ayrı kolonlarda ayrılmıştır. Odaklanmanın çoğunun benzer bileşikleri ayırmaya odaklandığı HPLC'nin aksine, IC'de ayırmalar standart olma eğilimindedir ve vurgu doğruluk ve duyarlılık üzerindedir. İyonların farklı özelliklerinden dolayı, iletkenlik detektörleri sıklıkla kullanılır; Hassasiyeti artırmak için, iyonların saptanmasından önce eluentin arka plan iletkenliği kaldırılır. Çok daha yüksek hassasiyete ulaşmak için iyonlar, kısa bir iyon değişim kolonunda önceden konsantre edilebilir ve daha sonra ayırma için elüent akımına ayrılabilir. Bu, birçok anyonun iz düzeylerini belirlemede çok etkili bir yol sunar. IC genellikle bir numunedeki metallerin ICP-MS tespitini tamamlamak için kullanılır.