GC ve GC-MS'yi etkileyen sudaki ana safsızlıklar organik bileşikler ve daha az ölçüde iyonlar, bakteriler ve partiküllerdir.

1. İyonlar

GC ve GC-MS inorganik iyonlardan daha az doğrudan etkilenmesine rağmen, sistem bileşenleri kontamine olabilir. Daha genel olarak, yüksek direnç değerlerine sahip su kullanmak, diğer arıtma teknolojilerinin etkinliğini sağlamak için gerekli bir adımdır.

2. Organik Bileşikler

İz GC ve GC-MS için kullanılan tüm sudaki çok düşük organik bileşik seviyeleri gereklidir. 2ppb'nin altındaki TOC değerleri, en hassas uygulamalar için oldukça arzu edilir.

3. Partiküller ve Bakteriler

Parçacıklar ve bakteriler de zamanla sütunu ve diğer bileşenleri bozabilir. Bakteriler ayrıca ölçülen bazı bileşiklerle reaksiyona girebilir ve ayrıca müdahale edebilecek yan ürünler üretebilirler.