GC ve GC-MS genellikle çok fazla saflaştırılmış su kullanmasa da, sulu örneklerin analizini içeren birçok uygulama vardır. Bunlar, reaktif boşluklarının ve standartlarının hazırlanması veya cam eşyaların durulanması için katı faz ekstraksiyonu gibi numune ön işlemi için su gerektirecektir. Bunlar son derece hassas teknikler olduğundan, kullanılan suyun kalitesi kritiktir. Numunelerin hazırlanmasında kullanılan suda bulunan organik bileşikler, arka plan gürültüsünü artırabilir ve hassasiyet ve seçicilik üzerinde potansiyel olarak ciddi etkilere sahip ekstra veya genişlemiş zirveler oluşturabilir. Tepe noktalarının ve arka plan konumlarının otomatik olarak seçildiği modern yazılım, kontaminasyon nedeniyle arka plandaki beklenmedik değişikliklere karşı özellikle hassastır.